La biblioteca que compartieron la Universidad de Chile y el Instituto Nacional en la antigua capilla de San Diego, fue un ícono de la relación de ambas instituciones pues encarnó la propuesta de una educación pública comprendida como "construir de Chile una escuela", representada por la cultura del libro y la lectura, según dijera Juan Egaña. Su destrucción fue el crimen cultural más grande del siglo XX. Pablo Ramírez, Ministro de Instrucción Pública de Carlos Ibáñez del Campo, decretó la demolición del edificio para construir en el lugar una piscina exclusivamente para los alumnos de la carrera de Derecho de la Universidad de Chile. Efectivamente la Biblioteca se demolió el año 1929, pero la piscina nunca se construyó. No se tiene demasiada información sobre esta catástrofe bibliográfica y cultural para la historia de la educación en Chile, aunque si se tiene conocimiento acerca de cual fue el destino de los libros que guardaba: 15.088 se enviaron a la Biblioteca Nacional; 6.777 al Instituto Pedagógico; 2.790 al Liceo de Hombres José Victorino Lastarria; 1.493 al Internado Nacional Barros Arana; 1.057 a la Universidad de Chile, entre otros; y el Instituto, debido a la falta de espacio, sólo pudo conservar una cifra aproximada a 14.300 volúmenes. Luego de la demolición de la Biblioteca del Instituto Nacional y de la Universidad de Chile en 1929, paradojalmente, se dictaba el Decreto con Fuerza de Ley No. 5.200 que creó la Dirección General de Bibliotecas, Archivos y Museos.