El cultivo del duraznero hacia el siglo XXI

69 Selección asistida pormarcadores Una vez que los marcadores moleculares están disponibles, es necesario establecer una asociación entre los marcadores genéticos y los caracteres de calidad de la fruta. Para hacer esto, hay varias alternativas metodológicas, las cuales han sido utilizadas con éxito relativo y hay dos ampliamente aceptadas: análisis de loci de rasgo cuantitativo (QTL) y mapeo de asociaciones. Aunque estas estrategias son previas a la era de la secuenciación de última generación (NGS), en la actualidad miles de polimorfismos están disponibles en varias especies frutales de la familia Rosaceae y pueden expandirse usando plataformas NGS. Toda esta información junto con la posibilidad de genotipar cientos de individuos, incluyendo segregantes de poblaciones de mapeo biparental o variedades, mejora la probabilidad de encontrar marcadores vinculados a caracteres, debido a una mayor resolución de los mapas genéticos, la cobertura del genoma es mejor y la variabilidad genética es abundante debido al número de individuos considerados en el análisis. La gran mayoría de los caracteres heredables de importancia economica resultan de una accion conjunta entre varios genes. Estos caracteres (por ejemplo, el peso de los frutos, la altura de la planta, el crecimiento volumétrico de la copa) son denominados poligenicos o cuantitativos, y el fenotipo resulta esencialmente de la variacion continua, resultado de la superposicion de clases fenotipicas discretas producidas por diferentes combinaciones de genes y el efecto del medio ambiente. Los loci que contienen uno o mas genes que controlan estos caracteres cuantitativos (llamados QTLs por “Quantitaive Trait Loci”) pueden ser detectados aplicando los principios de genetica cuantitativa y de ligamiento genetico, ya que es posible asociar la variacion fenotipica de un caracter poligenico con la segregacion de los marcadores posicionados en un mapa. De esta manera, es posible mapear un QTL utilizando los metodos de analisis de marcadores individuales, mapeo por intervalos simple omapeo por intervalos compuestos (Liu, 1998). Existen numerosos trabajos de análisis de QTLs en especies del género Prunus relacionados con la epoca de floración y maduración, la calidad del fruto, la arquitectura del árbol y la resistencia a fitopatogenos (Dirlewanger et al., 1996; Abbott et al., 1998; Dirlewanger et al., 1999; Etienne et al., 2002; Verde et al., 2002; Quilot et al., 2004; Dirlewanger et al., 2006; Lambert et al., 2007; Ogundiwin et al., 2008; Sanchez-Perez et al., 2007; Dirlewanger et al., 2009). Dentro del contexto del proyecto, identificamos QTLs para los caracteres fecha de cosecha y harinosidad de la pulpa colocalizando en el cromosoma 4 de Prunus persica , identificando además genes candidatos asociados a estos caracteres de importancia para el programa. Esta información ha sido base para la detección de marcadores moleculares asociados a la fecha de cosecha, el contenido de sólidos solubles y la harinosidad de la fruta (Nuñez-Lillo et al., 2015 y Nuñez-Lillo et al., 2019). Con relación a los marcadores moleculares para selección asistida en Prunus persica , en general están supeditados a caracteres mendelianos como presencia y ausencia de tricomas (durazno/ nectarín), color de pulpa (blanco/amarillo), acidez de lapulpa(ácido/súbácido), entreotros. Lamayoría de los caracteres más importantes desde un punto de vista agronómico y comercial están controlados por múltiples genes, y por lo mismo, las estrategias para encontrar asociaciones significativas son más complejas. Dentro de estas aproximaciones metodológicas están el ya mencionado análisis de QTL, el análisis de asociación genética (por ejemplo GWAS del inglés “Genome-Wide Association Study”) y la selección genómica. Todas ellas se basan en aproximaciones estadísticas para encontrar asociaciones significativas entre el genotipo (información desde los marcadores de ADN) y el fenotipo de los caracteres que son interesantes en un grupo de variedades, las cuales pueden ser poblaciones segregantes biparentales o colecciones de variedades que deben representar o contener la mayor proporción posible de la variación genética del carácter que se espera estudiar. Dentro del contexto del proyecto y en colaboración con otras iniciativas incluyendo los proyectos Consorcio Biofrutales (SP03 y SP04), Genoma 4 (Fondef), Fondecyt 11121396 y Fondecyt 1160584, se desarrollaron y validaron marcadores asociados a tipología de fruto normal/ slow ripening, fecha de cosecha (temprana, media y estación tardía), concentración de sólidos solubles y harinosidad de la pulpa, donde dentro de este último incluso hemos explorado nuevas