El cultivo del duraznero hacia el siglo XXI

65 (“Single Nucleotide Polymorphism” o SNPs), que se detectan con diferentes métodos y aproximaciones en función del tipo de marcador utilizado. Las principales ventajas de los marcadores de ADN o moleculares con relacion a los morfologicos, radican en su cobertura casi total del genoma y su disponibilidad practicamente ilimitada. Tambien, estos marcadores no se ven influenciados por factores ambientales y no presentan efectos pleiotropicos o interacciones intergenicas (epistasia) (Collard et al., 2005), permitiendo su evaluacion en estadios muy tempranos y a partir de muestras minimas de tejido. Existen múltiples tipos de marcadores a nivel de ADN en función de la base genética del polimorfismo y los métodos de detección, pero en la actualidad los más usados son los microsatélites y los SNPs. Microsatélites o SSRs (“Simple Sequence Repeats”) Los SSRs o microsatelites se basan en la amplificacion via PCR de regiones del genoma que contienen secuencias de 1-6 nucleotidos repetidas en tandem, utilizando un par de cebadores especificos complementarios a las secuencias unicas que flanquean el microsatelite. Los segmentos amplificados a partir de estos sitios, suelenpresentar unextensopolimorfismo resultante de la presencia de diferentes numeros de elementos repetidos. Asi, cada microsatelite, independiente del elemento repetido (por ejemplo (CA)n o (ATT) n), constituye un locus genetico altamente variable, multialelico y de gran contenido informativo (Litt y Luty, 1989; Morgante y Oliveri, 1993). SNPs (“Single Nucleotide Polymorphism”) Los SNPs son una nueva generacion de marcadores derivados de la tecnologia de secuenciacion del ADN. Consisten en un solo cambio de base (A, T, C o G) en la secuencia de ADN, producto de sustituciones nucleotidicas que ocurren con una frecuencia relativamente alta a lo largo del genoma. De hecho, son el polimorfismo mas abundante en el genoma humano con una frecuencia de 1 SNP/20-300 pb, representando el 90% del total de las variaciones a nivel de secuencia (Wang et al., 1998a). Para que uno de estos cambios de base sea considerado como SNP y por tanto, un posible marcador molecular, su frecuencia alelica debe ser mayor al 1% en una poblacion (Brookes, 1999). Los SNPs son marcadores codominantes con una distribucion homogenea en el genoma y una disponibilidad practicamente ilimitada. Su principal limitación es el bajo contenido de información por locus, ya que en general son marcadores bialelicos, aunque existe una posibilidad muy baja de encontrar más de dos alelos (3 o 4) por locus. Otra fuente de polimorfismo que se basa en el mismo principio que los SNPs, son los denominados “InDels”, determinados por la insercion o delecion de uno o varios nucleotidos. Estos marcadores codominantes de distribucion homogenea no son tan abundantes en el genoma como los SNPs (Väli et al., 2008), pero poseen básicamente la misma utilidad. Un SNP puede ser encontrado en regiones de ADN codificantes o no codificantes, mostrando diferencias significativas de frecuenciaentreambas regiones (Li y Sadler, 1991). Un SNP en una region de ADN codificante puede generar un polipeptido diferente, que pierda o altere su funcion original (mutacion de cambio de sentido), o en codificar un codon de termino de forma prematura afectando la funcionalidad de la proteina codificada. Tambien, es posible que no genere ninguna variacion a nivel del polipeptido, ya que el cambio de base puede determinar un nuevo triplete que codifique para el mismo aminoacido (mutacion silenciosa) o para un aminoacido equivalente (mutacion neutra). Por otra parte, los SNPs en regiones intronicas suelen no tener efecto, aunque en algunos casos pueden afectar al proceso de transcripcion. En función del tipo de mutacion (sustitucion de una base) que determina un SNP, es posible clasificarlos como transiciones (cambio de una purina por otra purina o una pirimidina por otra pirimidina) o transversiones (cambio de una purina por una pirimidina o de una pirimidina por una purina). El descubrimiento o detección de SNPs es una de las principales limitaciones de este tipo de marcadores, ya que es necesario desarrollar una estrategia que incluye directa o indirectamente contar con informacion proveniente de la secuenciacion de los individuos de interes. Sin embargo, en la actualidad los costos de secuenciación son cada vez más bajos. Aplicaciones de losmarcadores geneticos De un modo general, el empleo de marcadores moleculares en mejoramiento genético tienen un